税務調査時に反論したらどうなるのですか？

納得できるまで説明をしてもらう、それでも納得できなければ更正処分（税務署からの強制的な修正処分）をしてもらうということで良いかと思われます。
その後はやや専門的になりますが、税務署長に対して異議申立て、不服審判所に対して審査請求、訴訟という段取りになります。

納得できないのであれば、税務署からの勧奨により修正申告（自ら誤りを認めて訂正する申告）に応じる必要はありません。
税務署からの強制的な修正処分（更正）と聞くと怖気づく方も多いですが、修正申告と比較して支払額や罰金が多くなるという事はありません。

いろいろな事情から詳細の記載は省略しますが、行政指導に文句も言わずおとなしく従うよりも、上記の様な心構えで対応する方が現実的にはプラスに作用する事が多いように感じています。