当社は宗教法人です。境内に自動販売機を設置していますが、収益事業に該当しますか？

収益事業か否かと問われれば収益事業に該当しますが、あちらこちらに設置していたり、1箇所に複数の自動販売機を設置しているような場合や、その他に収益事業を営む場合は、収益事業として区分すべきだとは思いますが、境内に1台設置している程度でわざわざ収益事業として扱う必要はないかと思われます。

指摘があった場合は、
①税務署からであれば利益額は少額で、したがって発生する税金も知れていると思います。
指摘に従い納税（数千円）すれば済む話で、大きな問題には発展しないと思われます。
②所轄庁からであれば、収支計算書の作成の仕方を教えてもらい、もしくは作成して貰えば良いかと思われます。