社長が骨折で入院！傷病手当金をもらう代わりに役員報酬を停止？

まず、話が横道にそれますが、類似事例を何度か経験していますが、役員報酬を停止して手当金を受給するという選択をする会社はあまりありません。

現実的には、意識がない状態でも継続支給する会社もありますし、そのレベルで初めて停止するか否かというご相談を受けます。
ですがどうされるかは会社の任意ですので、回答しますと、結論としては停止しても問題ないと思います（ケースバイケースで絶対とまでは言い切れません）。

けがをして職務に従事できないため（あるいは手術に専念するという建前で）、代表の代行として誰かを指名して、手術が終わり職務に従事できるようになり次第、停止していた役員報酬の支給を開始するという理屈です。

手当金受給目的、入院しつつも職務を継続（病室からの指示等も含みます）している等の事実が判明すればその期の役員報酬が全額否認される可能性があります。
定期同額給与の否認は、一番低い月の支給金額を基準としてそれを超える部分が否認されるためです。

国税庁Q＆Aに類似事例が掲載されています。

役員報酬全額停止ではなく減額の事例ですが、通常はそうそうの事態でなければ全額停止は想定されていないのだと思いますが、前解説の通り一切の職務を停止するのであれば、何とか釈明可能ではないかと考えます。

当初予定していた程の職務が遂行できないけども、入院中の指示・連絡等多少の職務を遂行するというのであれば、報酬半額、7割減等が妥当かと思われます。